根据职责，区委办公室设置区密码管理局、督查室和秘书科、信息科、综合科5个科室。

根据《北京市门头沟区机构改革方案》，区委办公室管理中共北京市门头沟区委保密委员会办公室（挂北京市门头沟区国家保密局牌子）。

（一）区密码管理局

负责密码相关工作。

（二）督查室

负责区委常委会、全委会重要决定事项落实情况的督促检查；负责区委领导批示、交办事项的督查落实与反馈工作；负责中央、市委各项方针政策、重大决策、重要工作部署在我区贯彻落实情况的督促检查；承办市委及市委有关部门批转门头沟区委需要办理的事项；办理人大代表、政协委员对区委工作的建议、提案的催办落实工作；办理因公出国、赴港澳人员备案工作；完成领导交办的其它工作。

（三）秘书科

负责制发区委、区委办公室文件及《门办通报》等各种公文；负责起草或参与起草区委、区委领导的部分文稿（报告、讲话等）；负责起草区委办公室有关文字材料；负责区委、区委办公室的文件归档工作；负责对全区社会发展情况进行综合调研；承办区委《大事记》的编辑、印发工作；负责基层单位的文件规范性指导工作；完成领导交办的其它工作。

（四）信息科

负责编辑出版区委信息刊物《门头沟信息》（综合快报、工作交流、调研参阅等）；对全区重要情况进行综合分析，为上级、本级、下级领导及部门提供有参考价值的信息；负责全区信息网络及队伍建设，对全区信息工作进行业务指导；完成领导交办的其它工作。

（五）综合科

负责区委常委会、全委会、区委理论学习中心组学习和区委召开的大型会议及区委领导召开的部分非专业性小型会议的会务工作；承办区委、区委办公室部分文书处理工作；负责区委、区委办公室值班工作；负责区委、区委办公室公务接待及部分信访接待工作；承办《区四大部门主要领导及区委常委一周活动安排》表的制发工作；负责区委、区委办公室印章使用、管理工作；负责区委办公室的人事、工资、办公用品管理、党务等项工作；负责区委、区政府机关的电话通讯管理工作；负责区委、区政府机关的文印工作；完成领导交办的其它各项工作。

（六）区国家保密局

贯彻执行党中央、国务院和市委、市政府有关保密工作方针、政策、决定、指示；承办区委保密委员会的日常工作；依法履行保密行政管理职能；负责向区委、区政府提出改进和加强保密工作的意见；制定本区保密工作计划并组织实施；指导本区各单位的保密工作及对国家秘密事项的管理；协调有关部门进行保密审查；四、在本区内组织保密技术工作理论、政策的研讨；制定本区保密法规的宣传教育和保密干部的培训规划，并组织实施；在本区范围内开展保密检查，负责查处泄密案件，研究改进补救方法和防范措施；会同有关部门对本行政区域内特种行业进行保密监督、检查和管理工作；负责本区保密技术的管理和先进保密技术的开发与应用；依法开展对计算机及其网络等办公自动化设备的保密技术检查；指导各单位采取保密防范技术措施；根据国家保密法律、法规，负责本地区保密行政执法以及保密行政审批、核准、审核、备案等工作；承办区委交办的其它事项。